北京城市學院生物醫藥學部成立于1997年，在健康中國的戰略引領下，立足醫藥健康產業在首都創新發展中的重要戰略定位，堅持服務首都的辦學定位，為北京醫藥健康領域培養具備“守護健康、盡責于微”的精準服務意識和技術水平的高層次應用型人才。先后設立了中藥學、生物技術、食品質量與安全、藥學、護理學、康復治療學6個本科專業。中藥學和生物技術專業2020年和2021年分別被評為北京市一流本科專業建設點。中藥學專業自2015年開始招收中藥專業碩士研究生。
生物醫藥學部被北京市科學技術委員會、北京市經濟與信息化委員會、北京市投資促進局和中關村管委會認定為“北京生物醫藥產業跨越式發展工程應用型人才培養基地”。設有中藥與生物技術實驗教學中心、護理康復實訓中心、中藥鑒定與調劑實訓中心等3個校內實踐教學中心和2個北京中醫藥管理局認定的中醫藥傳統技能傳承工作室。中藥與生物技術實驗教學中心被北京市教委評為北京市高等學校實驗教學示范中心。學部師生依托中醫藥傳統技能傳承工作室開展中醫藥文化傳承和傳播，以我校為保護單位的《中醫藥膏方制作技藝》被評為海淀區非物質文化遺產。
學部教師具有優秀的專業水平和執教能力，具有博士學位的教師占比達到60%以上，雙師型教師占比達60%。師資隊伍中包括北京市德育先進工作者1人，北京市教書育人先鋒1人，北京市課程思政教學團隊1個。教師教學成果獲批北京市教學成果獎2項、北京市教學改革創新項目2項、北京市優質本科課程3門、北京市課程思政示范課程1門、北京市優質本科教材3部、優質本科教案2個。生物技術專業教師團隊被北京市教委評為專業創新團隊。生物醫藥學部黨支部獲批教育部第三批全國高?！半p帶頭人”教師黨支部工作室。
學部各專業經過多年的積累，已經與博奧生物、同仁堂集團、中糧集團、光明健能乳業等醫藥食品企業，中國醫學科學院藥物研究所、中國食品藥品檢定研究院、中國科學院微生物研究所、中國科學院過程工程研究所等科研單位，北京醫院、人民醫院、友誼醫院、北京朝陽醫院、北京婦產醫院、北京康復醫院等公立綜合和康復專科醫院等70余家具有行業領先地位的企事業單位開展產教融合協同育人。用人單位對畢業生的素質能力評價較高，滿意率達到95%以上。
